制裁については労働基準法第91条で下記のような制限があります。

（制裁規定の制限）

第九十一条　就業規則で、労働者に対して減給の制裁を定める場合においては、その減給は、一回の額が平均賃金の一日分の半額を超え、総額が一賃金支払期における賃金の総額の十分の一を超えてはならない。

　たとえば、遅刻をした場合には1時間ごとの賃金カットをすると就業規則で規定しているのなら、たとえ45分の遅刻でも1時間分の賃金がカットされ ることになるわけですが、遅刻時間を超える15分ぶんの賃金が平均賃金の1日分の半額を超えていなければ労働基準法違反にはならないということです。

　当然ですが、遅刻した45分についてはノーワークノーペイの原則で賃金無しです。